We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
لدي مجموعة من النيوكلوتايد SNPs لـ 11 ألفًا تقريبًا خميرة الخميرة، خميرة الخباز ، وأود تحديد أي منها يقع في مواقع ربط عامل النسخ وما إذا كانوا يقدمون معلومات عن TFBS ذات الصلة.
لقد بحثت في هذا الموقع والإنترنت ولم أتمكن من العثور على قاعدة بيانات قابلة للتنزيل من شأنها أن تعطيني مواقع لجميع TFBS المعروفة / التي تم التحقق منها للخميرة. لقد درست موقع YEASTRACT بدقة ولكن لم أجد قاعدة البيانات هذه لتنزيل معلومات حول TFBS لجميع ORFs / الجينات دفعة واحدة.
علاوة على ذلك ، عندما حاولت الحصول على المعلومات يدويًا من خلال بحث YEASTRACT عبر الإنترنت ، وجدت النتائج محيرة. على سبيل المثال: يؤدي البحث عن TF عن ORF "YOL166W-A" إلى إرجاع قائمة من 4 TFs. النقر على أحدها ، لنقل Sok2p ، يأخذك إلى صفحة أخرى تقول ، من بين أشياء أخرى ، أن TFBS المقابل هو "acMTGCAKg" ... ماذا يعني ذلك؟ (أعرف أبجدية ACTG ولكن ما هي الرموز "a" و "c" و "K" و "g"؟) وماذا يخبرني هذا عن الموقع الفعلي لموقع التجليد؟ هل يجب علي تفجير الجينوم بأكمله للتعرف عليه؟ (ألا يجب أن تكون هناك قاعدة بيانات بهذه المعلومات الخاصة بالخميرة بالفعل؟) إذا كان الأمر كذلك ، كيف يمكنني التفجير للرموز مثل "K" و "g"؟
لدي خلفية في الإحصائيات ولكني أعمل حاليًا في تطبيقات علم الوراثة ، وبالتالي فإن استخراج بيانات المعلومات الحيوية ذات الصلة أمر محير للغاية بالنسبة لي في بعض المناسبات. سيكون موضع تقدير أي مساعدة.
أوافق على أنه قد يكون من المربك للغاية في بعض الأحيان العثور على البيانات الصحيحة.
هل تعرف RSAT (مجموعة أدوات تحليل التسلسلات التنظيمية)؟ إذا انتقلت إلى "التعليمات والاتصال" و "قواعد بيانات الحافز" ، فستجد قاعدة بيانات Yeastract: http://rsat-tagc.univ-mrs.fr/rsat/motif_databases/Yeastract/
اعتقدت أنه سيكون موجودًا أيضًا على JASPAR ، لكن لم أتمكن من العثور عليه.
ثم لتحليلك حيث تبحث عن SNPs في الزخارف ، هناك أداة على RSAT ، والتي للأسف تعمل فقط مع قاعدة بيانات Metazoa في الوقت الحالي ، ولكن قد تكون مهتمًا بالتحقق من ذلك ، والورقة المقابلة: http: // rsat-tagc.univ-mrs.fr/rsat/variation-scan_form.cgi
بالإضافة إلى أحرف النوكليوتيدات الأربعة ، هناك أحرف تعني أن "الحرف واحد من هذين الحرفين أو الثلاثة:
M = aMine = A أو C.
R = بورين = A أو G
W = ضعيف (رابطتان هيدروجينيتان) = A أو T.
S = قوي (ثلاث روابط هيدروجينية) C أو G
Y = بيريمادين = C أو T.
K = كيتون = G أو T.
ب = لا أ
د = لا ج
H = ليس G
يو = ليس تي
أعتقد أن الأحرف الصغيرة تعني أن هذه الأحرف ليست مهمة مثل الأحرف الكبيرة من حيث تحديد الارتباط.
أعتذر ، لكن في رأيي ، أنت لست على حق. يمكنني إثبات ذلك.
أعتقد أنه خطأ. أنا متأكد. أنا قادر على إثبات ذلك.
الرسالة ذات الصلة :) انها مضحكة ...
ما الكلمات ... رائعة ، عبارة ممتازة
أعتقد أنك مخطئ. دعونا نناقشها. اكتب لي في PM.
كم مرة يتعين على الشخص أن يختار بين حلمه في يديه وذات رافعة تحوم فوق رأسه. ولكن في الواقع ، يختار بين المخاوف. إنه يخشى أن يترك كل شيء كما هو ، إذا لم يناسبه. ويخشى ألا يحقق ما يأمله ، لكنه سيخسر الحلمه.